KISTI, 세계 최대 규모 전장 유전체 연관분석 병렬화 달성
KISTI, 세계 최대 규모 전장 유전체 연관분석 병렬화 달성 - 병렬컴퓨팅 기술 통해 전장유전체 통계오류 보정계산 최적화 실현 - A. MPI-GWAS 알고리즘 개요도: 무작위 순열조합(N-Permutation)의 빠른 계산을 위해 MPI-Rank를 통한 동시/병렬분석을 진행함 B-C. 성능평가결과: (B) 병렬처리노드 증가를 통해 전체계산시간 감소확인 (C) 데이터와 병렬처리노드 동시증가에 따른 수행시간의 확장성 확인 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)은 전장유전체 연관분석(Genome Wide Association Study, 이하 GWAS)의 통계 오류*를 보정하기 위한 거대규모 슈퍼컴퓨팅 소프트웨어(SW)를 개발하였다고 밝혔다. * 거대 규모 전장 유전체 분석에 따른 통계 유의성 계산 결과가 위양성(False-positive)으로 보고되는 현상을 뜻함. GWAS 분야의 위양성은 대표사례로 질병연관성이 낮은 유전변이가 질병 발병과 연관성이 높은 것으로 보고되는 것이 있음 KISTI 국가 슈퍼컴퓨터 5호기 누리온에서 개발된 SW를 활용해 한국인 코호트 7,523명과 영국인 코호트 4,242명에서 보고된 84,295개의 유전변이에 따른 당뇨, 고혈압과 연관된 유전변이를 GWAS 계산을 통해 도출하고, 최대 70억 회 이상의 무작위 조합(random permutation)을 수행하여 통계 오류를 보정 할 수 있었다. 이번 슈퍼컴퓨팅 시뮬레이션 SW는 국가 슈퍼컴퓨터 5호기 누리온의 최대 2500 노드*를 동시에 사용하여 기존 통계 프로그램 대비 약 300% 이상의 계산 가속화가 가능하다. * 약 7.5 패타플롭스(1패타플롭스 = 1초당 1000조회 계산) 정도의 고성능 연산이 가능한 수준으로 KISTI 슈퍼컴퓨터 5호기 성능의 약 25%를 차지하는 규모임 GWAS 분석 결과는 표현형(질병 또는 과일의 무게 등)과 연관된 유전변이의 선발을 목표로 하며, 유의미한 질병 연관 유전변이의 발견은 개인 맞춤형 건강 관리 및 농축산 분야의 신품종 개량을 가능하게 하는 중요한 지표로 여겨지고 있다. 따라서 GWAS 분석 결과의 통계 오류 보정은 필수적이다. GWAS 분석의 통계 오류 보정은 방대한 계산으로 인해 해당 분야 연구 난제로 남아있었다. KISTI는 계산 병렬화 기술을 통해 대규모의 슈퍼컴퓨팅 기반 패타플롭스 규모의 계산으로 기존의 통계오류 보정이 가능함을 확인했다. KISTI의 국가 슈퍼컴퓨터 5호기 누리온을 활용하여 세계최대 규모(7.5페타플롭스)로 GWAS에 대해서 수행하였다. 권오경 박사와 백효정 박사는 “이번 GWAS 관련 병렬화 SW는 소스코드*를 공개하여 다양한 유전체 연구자들이 자유롭게 활용할 수 있도록 하였으므로 유전체 분야에 슈퍼컴퓨터를 활용한 연구 효율화가 기대된다”고 하였다. 관련 연구 내용은 국제 저널인 Genomics & Informatics에 3월 31일 게재 될 예정**이다. * https://github.com/hypaik/proj_MPIGWAS ** Paik et al, MPI-GWAS: a supercomputing-aided permutation approach for genome-wide association studies (2022년 3월 31일 게재예정, Genomics & Informatics) KISTI 슈퍼컴퓨팅응용센터 정민중 센터장은 “KISTI는 거대규모의 계산을 필요로 하는 슈퍼컴퓨터 사용자들에게 최적병렬화* 기술 및 계산자원을 지원하고 있다. 배포된 슈퍼컴퓨팅 시뮬레이션 SW로 바이오 및 의료분야 연구 효율화가 마련될 수 있을 것으로 기대한다”라고 밝혔다. * 최적병렬화는 슈퍼컴퓨터에서 수천대의 CPU가 동시에 수행할 수 있게 코드를 개발하여 어려운 문제를 해결하는 기술KISTI, IDW 2022 성공 개최 위한 MoU 체결
KISTI, IDW 2022 성공 개최 위한 MoU 체결 - 연구데이터 개방·활용 위한 세계 최대 규모 콘퍼런스 개최 협력 - 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)은 연구데이터 개방·활용을 위한 세계 최대 규모 콘퍼런스인 ‘International Data Week 2022 (이하 IDW 2022)’의 성공적 개최를 위하여, 연구데이터 관련 국제기구와 국내 주관기관이 함께하는 업무협약(MOU)식을 3월 28일 KISTI 대전본원에서 개최했다. IDW 2022는 국제과학위원회(ISC)가 설립한 데이터위원회(CODATA)와 데이터 공유를 위해 리서치 데이터 얼라이언스(RDA)와 ISC의 산하 조직인 월드 데이터 시스템(WDS) 등 연구데이터 관련 국제기구와 공동 개최하는 행사로서, 2021년 11월 한국에서 개최될 예정이었으나, 글로벌 팬더믹 상황으로 연기되어 2022년 6월 18일 RDA 사무국 회의를 시작으로 23일까지 서울 드래곤시티에서 7일간 진행할 예정이다. 또 IDW 2022에서는 최근 데이터 연구 패러다임인 ‘데이터 개방과 활용'에 따라 새로운 과학적 발견으로 사회적 기여를 촉진하는 데이터 혁신 생태계에 대해 논의하며 데이터 공유에 대한 국제 총회인 ‘RDA Plenary Meeting'과 CODATA·WDS에 의해 조직된 연구 데이터 학술 콘퍼런스 'SciDataCon 2022'를 합동으로 개최하며 국내외 66개국 연구데이터 전문가 1,000여명과 함께 할 예정이다. 금일 개최된 협약식은 IDW 2022 국제행사의 성공적 개최와 연구데이터 공유․활용을 위한 협력을 증진시키고, 국가 차원에서의 ICT 기반의 연구데이터 생태계를 조성하고 활성화하는 것을 목적으로 개최되며, 국제과학위원회(ISC)에서는 CODATA 사이먼 헛슨(Simon Hodson) 집행위원장(Exeive Director), 월드 데이터 시스템(WDS) 메레디스 고인즈(Meredith Goins) 집행위원장(Exeive Director), 리서치 데이터 얼라이언스(RDA) 힐러리 하나호(Hilary Hanahoe) 사무총장 (Secretary General)이 온라인으로 참석하며, 국내에서는 주관기관인 한국과학기술정보연구원(KISTI) 김재수 원장을 비롯하여, 공동주관기관으로 한국지질자원연구원 이평구 원장, 한국한의학연구원 이진용 원장, 한국표준과학연구원 박현민 원장, 국립중앙도서관 서혜란 관장, 성균관대학교 신동렬 총장이 온·오프라인으로 업무협약식에 참석했다. KISTI 김재수 원장은 “이번 IDW 2022 개최는 국제 오픈 연구데이터 협력을 촉진하여 연구데이터 공유와 활용에 대한 인식을 제고하고 우리나라 연구데이터 연구역량이 세계적인 수준으로 발돋움할 수 있는 계기가 될 것”이라며, “연구데이터의 개방과 활용 확대를 위한 이번 행사에 국내외 연구데이터 전문가들의 많은 관심과 참여를 부탁한다”라고 말했다.KISTI, 수소경제 분야 전문가 초청 ‘코센 글로벌 심포지엄’ 개최
KISTI, 수소경제 분야 전문가 초청 ‘코센 글로벌 심포지엄’ 개최 - ‘2050 탄소 중립을 위한 수소경제 개발’ 주제로 코센 전문가 네트워킹 자리 마련 - 과학기술정보통신부(장관 임혜숙)의 KOSEN*(한민족과학기술자네트워크, 이하 코센) 사업을 운영하고 있는 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)은 2월 22일, 한국시간 16:00부터 17:30까지 ‘2050 탄소 중립을 위한 수소경제 개발’을 주제로 코센 글로벌 심포지엄을 개최한다. * KOSEN(한민족과학기술자네트워크, www.kosen21.org)은 전 세계 한인 과학기술자들을 하나로 연결하는 네트워크 서비스(70여개국 16만여명 회원, 2021년 12월 현재)로 과학기술정보통신부가 지원하고 KISTI에서 운영하는 사업이다. 기후위기에 대응하기 위해서 국제사회는 2050 탄소중립 비전을 제시하였으며, 온실가스 및 미세먼지 배출 감축 수단으로 에너지 효율화, 이산화탄소의 포집과 이용, 재생에너지 보급 확대, 그리고 궁극적으로는 수소경제로의 전환을 요구하고 있다. KISTI는 글로벌 이슈를 전세계 한인과학자 협력망을 통해 해결한다는 새로운 접근법으로 코센 글로벌 심포지엄을 개최하게 되었다. 이번 심포지엄에서는 수소사회 실현을 위한 기술개발 및 산학연 연구교류 활성화를 목적으로 국내외 수소경제 분야 전문가들을 초청하여 해외기술 정보, 국내외 협력방안을 함께 논의하는 자리를 갖는다. 수소경제에 관심 있는 전 세계 산학연 연구자들의 자유로운 참여를 위해 온라인으로 진행된다. 독일 그린수소 생산업체인 CRUSE Offshore GmbH의 유승덕 박사는 ‘해상풍력을 이용한 그린수소의 생산’, 영국 에딘버러 대학교의 안형웅 교수는 ‘대규모 수소 생산 및 수송 방안’, (주)그리드위즈의 남기영 박사는 ‘그린수소의 가격경쟁력을 위한 유연성의 활용’이란 주제로 발표하며, 좌장은 한국에너지기술연구원 신재생자원지도연구실의 김현구 실장이 맡고, 서울대학교 화학생물공학부 성영은 교수와 수소융합얼라이언스 정책기술본부의 이승훈 본부장이 패널로 참석한다. 발표자와 패널로 참여하는 수소경제 분야 산학연 전문가들은 코센에서 오랫동안 활동해온 회원들이며 이번 코센 글로벌 심포지엄을 통해 본인의 연구 내용을 소개하고 협력 포인트를 찾을 예정이다. 심포지엄 등록 방법은 코센 홈페이지(kosen21.org)를 통해 확인할 수 있다. 코센 연구책임자인 KISTI 융합서비스센터 윤정선 책임연구원은 “전 지구적으로 대응해야 하는 글로벌 이슈를 국내외 한인과학자들의 글로벌 협력으로 풀어내기 위한 첫발걸음을 떼게 된 것에 의의가 있다. 향후 협의체 운영을 통해 지속적인 활동을 지원할 예정이다”라고 밝혔다.KISTI, ‘충북대학교-KISTI HPC·AI 겨울학교’ 개최
KISTI, ‘충북대학교-KISTI HPC·AI 겨울학교’ 개최 - 슈퍼컴퓨터 인프라 및 전문역량 바탕으로 HPC·AI 인재 양성 - 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)과 충북대학교(총장 김수갑, 이하 충북대)는 2월 21일부터 24일까지 4일간 ‘충북대학교-KISTI HPC·AI 겨울학교’를 개최한다. KISTI와 충북대는 SW 가치 확산과 데이터·SW 융합분야의 발전을 위한 업무협약을 2019년 6월 18일에 체결하였으며, 이에 대한 후속 협력으로 슈퍼컴퓨터 사용자 및 미래 사용자(학생, 연구자 등)의 HPC·AI 활용 역량을 강화하기 위해 ‘HPC·AI 겨울학교’를 개최하게 되었다. 주요 내용으로는 ▲ 1일차(슈퍼컴퓨터 이해) 슈퍼컴퓨터 활용 및 리눅스 실습 ▲ 2일차(슈퍼컴퓨터 ‘누리온’ 활용) MPI 등 병렬프로그래밍 이해 및 실습 ▲ 3일차(슈퍼컴퓨터 ‘뉴론’ 활용) CUDA 등 병렬프로그래밍 이해 및 실습 ▲ 4일차(인공지능 이해) 인공지능 기초 및 딥러닝 이해를 중심으로 운영될 계획이다. 최근 코로나19 오미크론 변이 확산에 대응하여, 모든 교육 일정은 실시간 비대면 및 온라인 교육으로 진행되며, 과학데이터교육센터 홈페이지에서 무료로 수강신청을 받은 결과, 충북대, 전북대, 부경대, 서울대, 연세대, 이화여대 등 전국 15개 대학에서 총 80명이 참가할 예정이다. KISTI 과학데이터교육센터 안부영 센터장은 “이번 ‘충북대학교-KISTI HPC·AI 겨울학교’를 통해 슈퍼컴퓨터 활용 및 AI 기술 습득을 희망하는 전국의 대학(원)생들이 거대과학 문제해결 및 디지털 뉴딜 시대를 선도하는 미래인재로 성장하길 바란다”고 말했다. KISTI는 지난 2018년 KISTI 강점 기반 전문교육을 수행하기 위한 교육 전담 부서인 과학데이터교육센터를 설립했으며, KISTI가 보유한 데이터, 슈퍼컴퓨팅 인프라와 데이터과학 전문인력을 활용하여, 산·학·연·정 관련자를 대상으로 전문교육 프로그램을 개발·운영하고 있다. ‘충북대학교-KISTI HPC·AI 겨울학교’에 대한 상세한 사항은 과학데이터교육센터 홈페이지(https://kacademy.kisti.re.kr)에서 확인할 수 있다.KISTI, 국립보건연과 보건의료연구데이터 활용 협력체계 구축
KISTI, 국립보건연과 보건의료연구데이터 활용 협력체계 구축 - 보건의료분야 빅데이터 활용 촉진 위한 협력의향서(LOI) 체결 - 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)은 17일(목) 국립보건연구원(원장 권준욱)과 협력의향서(LOI)를 체결하고 보건의료분야 빅데이터 활용 촉진을 위해 상호 협력하기로 하였다. KISTI는 국가슈퍼컴퓨팅센터로서 국가 차원의 초고성능컴퓨팅 공동활용 체계 구축을 통해 과학기술 공공·산업 분야 초고성능컴퓨팅 활용 증진과 과학기술 R&D 혁신에 기여하기 위한 국가 슈퍼컴퓨팅 인프라를 서비스하고 있다. 또한 국립보건연구원은 미래의료연구부를 통해 미래의료 실현을 통한 국가 보건의료 수준향상 및 신산업 창출을 추진하고 있다. 정밀의료 실현을 위한 핵심 자원으로 대규모 보건의료 바이오 빅데이터의 중요성이 대두되고 있는 가운데, 국내 최대의 고성능 슈퍼컴퓨터를 보유하고 있는 KISTI는 본 협약을 통해 슈퍼컴퓨터 기반 대규모 데이터 분석환경을 국내 연구자들에게 제공하여 「국가 바이오 빅데이터 구축 시범사업」을 포함한 국립보건연구원이 보유하고 있는 유전체, 임상 정보 등 보건의료분야의 대규모·대용량 바이오 빅데이터의 임상적·과학적 활용을 촉진하고자 한다. 본 협약의 주요 내용은 ▲국민건강 증진을 위한 보건의료 분야 연구데이터의 공유‧분양 및 공동 활용 연구 ▲양 기관 정보분석실 지원, 데이터 분석 및 활용‧관리, 개인정보보호 계획 수립 ▲양 기관 시스템 연계 및 활용에 관한 협력 등으로 양 기관은 이번 협약을 통해 보건의료 연구분야 상호협력체계를 확립함으로써 국가보건의료연구의 발전을 도모하고자 한다. 슈퍼컴퓨터를 기반으로 초거대 연구 데이터를 고속으로 처리하는 등 연구개발(R&D)의 전문화·고도화를 통해 수요자 중심의 쉽고 편리한 컴퓨팅 서비스를 제공하여 대규모 보건의료연구데이터 수집 및 분석에 필요한 시간과 기회비용을 획기적으로 줄일 수 있을 것으로 전망된다. 또한, 양 기관은 슈퍼컴퓨팅 기반 연구분석 플랫폼 개발 및 공유 등 지속적이고 체계적인 연구 협력을 추진할 예정이다. KISTI 국가슈퍼컴퓨팅본부 이식 본부장은 “국립보건연구원 미래의료연구부와의 협력을 통해 KSITI가 보유한 슈퍼컴퓨터가 보건의료 분야 바이오 빅데이터 분석에 더욱 활발하게 이용됨으로써 국내 정밀 의료분야의 다양한 연구와 국민건강증진에 기여할 수 있기를 바란다.”고 밝혔다.KISTI, OLED 소재 물성 시뮬레이션으로 중소기업 지원
KISTI, OLED 소재 물성 시뮬레이션으로 중소기업 지원 - 삼성디스플레이와 OLED 소재 물성 시뮬레이션 플랫폼 공동개발 - Sync-OLED 플랫폼을 통해 사용자가 유기소재의 분자구조를 손쉽게 디자인하고, 한 번의 클릭으로 복잡한 시뮬레이션을 반복적으로 자동 수행할 수 있다. 한국과학기술정보연구원(원장 김재수, 이하 KISTI)은 삼성디스플레이와 유기발광다이오드 (OLED) 디스플레이 소재 분야의 중소기업의 R&D 효율화를 지원하기 위한 오픈 플랫폼 'Sync-OLED'(https://sync-oled.edison.re.kr)를 개발해 7일부터 일반에 공개했다. 첨단 나노소재의 물성은 원자의 배열로 이루어진 작은 구조체 혹은 분자의 특성으로부터 나타난다. 이러한 원자의 배열은 머리카락 두께의 5만분의 1 수준인 수 나노미터(10-9m) 규모로 매우 작기 때문에, 실제 소재의 합성 과정에서 미세 구조나 물성을 일관성 있게 규명하기 어렵다. 하지만 컴퓨터 시뮬레이션을 활용하면, 실제로 나노소재를 합성해 보지 않고도 미리 특성을 예측할 수 있다. 하지만 컴퓨터 시뮬레이션 환경을 구축하는 데에는 초기 비용이 많이 들기 때문에, 실제 산업 현장의 중소 업체들이 시뮬레이션을 활용해 연구개발을 수행하기 어려운 실정이다. 산업 현장에서 중소 업체들이 소재 물성을 자체적으로 시뮬레이션하기 위해서는 소프트웨어 구입, 전문 인력 고용, 전문 소프트웨어 사용이 가능한 슈퍼컴퓨팅 서버 확보 등을 위한 상당한 비용이 필요하다. 이에 KISTI는 영세한 기업이나 대학도 시뮬레이션을 통해 손쉽게 소재개발을 할 수 있도록 효율적인 신소재 개발을 돕는 자동 시뮬레이션 웹 플랫폼 Sync*를 개발하고 있다. Sync-OLED는 첫번째 Sync 프로젝트로서, KISTI 슈퍼컴퓨팅응용센터와 HPC융합플랫폼연구단이 지난 2020년부터 삼성디스플레이와 공동연구를 통해 산업계의 필요를 정확하게 반영하여 OLED 디스플레이 분야에 대한 특화 플랫폼으로 개발한 것이다. * Sync: “동기화”라는 의미인 “synchronize”의 줄임말. 컴퓨터 시뮬레이션을 통한 소재 해석과 산업현장 활용의 동기화, 소재업체와 소자제작업체간의 물성기준 동기화를 촉진시키고자 하는 중의적 의미를 담아 명명하였다. Sync-OLED는 유기 소재에 대한 시뮬레이션 결과가 소재개발에 즉시 활용될 수 있도록 구성되어, 사용자가 유기 소재가 지니는 기본 물성뿐 아니라 OLED의 성능과 밀접하게 연관되는 복합물성을 단 몇 번의 클릭만으로도 간단하게 시뮬레이션 할 수 있는 환경을 제공한다. 소재 기업의 연구자라면 누구나 KISTI와 삼성디스플레이의 사용 동의를 거친 후 Sync-OLED 웹 사이트에서 OLED 소재 물성을 평가해 볼 수 있다. KISTI 슈퍼컴퓨팅응용센터 나노소재연구팀과 삼성디스플레이 전문가들의 시뮬레이션 노하우를 집약해 만든 Sync-OLED를 통해 일관적인 시뮬레이션을 자동으로 수행하게 되면, 누구나 자신의 소재를 동일한 물성 기준으로 평가하는 ‘소재 물성 표준화’를 이룰 수 있다. 이번 프로젝트를 통해 OLED 패널 성능 향상의 핵심인 유기 재료 개발 분야에서 중소기업의 연구 역량 강화를 돕고, 삼성디스플레이와 소재 업체 간의 효율적인 협력을 지원하겠다는 것이 KISTI의 설명이다. 따라서 Sync-OLED를 통한 '물성 표준화'는 국내 OLED 기술의 향상을 위한 기업 간 상생협력 생태계를 구축하는 첨병이 될 것으로 기대된다. KISTI 슈퍼컴퓨팅응용센터 나노소재연구팀 김한슬 박사는“향후 첨단소재산업 분야 전반에서의 시뮬레이션 저변확대에 기여하고자 한다”며, “그 첫 번째 사례로서, 삼성디스플레이와의 협력을 통해 유기 디스플레이 소재 분야 특화 사이트인 Sync-OLED의 개발과 공개를 진행하게 되었다”라고 설명했다. KISTI 정민중 슈퍼컴퓨팅응용센터장은 "소재 분야 시뮬레이션은 전 세계적으로도 초고성능컴퓨터(HPC)를 통해 가장 활발하게 수행되고 있는 연구 분야 중 하나이다"라며 "이번 Sync-OLED의 공개는 HPC기반 소재시뮬레이션을 통해 실제 OLED 디스플레이산업 분야 전반의 상생협력체계와 연구개발능력의 발전을 이끌어내는 시작점이 될 것이라 기대한다"라고 말했다.본 저작물은 “공공누리 제4유형(출처표시, 상업적 이용금지, 변경금지)” 조건에 따라 누구나 이용할 수 있습니다.